Khấu trừ thuế GTGT – Quy định chi tiết và hướng dẫn thực hiện

Khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào là một trong những quyền lợi quan trọng nhất của doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ thuế. Đây là cơ chế cho phép doanh nghiệp được trừ số thuế GTGT đã nộp khi mua hàng hóa, dịch vụ vào số thuế GTGT phải nộp khi bán hàng hóa, dịch vụ, từ đó giảm số tiền thuế thực nộp hoặc được hoàn thuế nếu đầu vào lớn hơn đầu ra. Năm 2025–2026, với việc hóa đơn điện tử (HĐĐT) trở thành bắt buộc 100% và hệ thống dữ liệu thuế được tự động hóa theo Nghị định 70/2025/NĐ-CP cùng Thông tư 32/2025/TT-BTC, quy trình khấu trừ đã thay đổi mạnh mẽ: dữ liệu HĐĐT đầu vào được truyền realtime, tự động đổ vào tờ khai 01/GTGT, giúp giảm thời gian kê khai từ vài ngày xuống còn 15–30 phút. Tuy nhiên, chỉ HĐĐT hợp lệ mới được khấu trừ – sai sót dù nhỏ cũng dẫn đến mất quyền khấu trừ, bị truy thu thuế và phạt 20% số thuế thiếu. Bài viết này hướng dẫn chi tiết quy định, điều kiện, quy trình và các lỗi thường gặp khi khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

1. Cơ sở pháp lý và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Quy định chính được nêu tại:

• Điều 15 Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi, bổ sung năm 2024).
• Điều 13 Nghị định 123/2020/NĐ-CP (sửa đổi bởi Nghị định 70/2025/NĐ-CP).
• Thông tư 219/2013/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư 26/2025/TT-BTC).

>> Tham khảo: Các mức thuế suất thuế GTGT.

Doanh nghiệp chỉ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào khi đồng thời đáp ứng đủ 4 điều kiện sau:

• Có hóa đơn GTGT hợp lệ hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu
  • Hóa đơn phải là HĐĐT hợp lệ: đầy đủ 38 tiêu thức, có chữ ký số người bán, mã QR, trạng thái “Hợp lệ” trên tracuuhoadon.gdt.gov.vn.
  • Từ 01/06/2025, hóa đơn phải có ký hiệu chuẩn 6 ký tự và mẫu số cố định (01GTKT cho GTGT, 02GTTT cho bán hàng…).
• Hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động sản xuất, kinh doanh chịu thuế GTGT
  • Không được khấu trừ nếu dùng cho hoạt động miễn thuế, không chịu thuế hoặc mục đích cá nhân (ví dụ: mua quà tặng, tiếp khách không phục vụ kinh doanh).
• Thanh toán không dùng tiền mặt đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên (đã gồm thuế GTGT)
  • Bắt buộc chuyển khoản ngân hàng, thẻ tín dụng, ví điện tử (có chứng từ điện tử rõ ràng).
  • Tiền mặt dù dưới 20 triệu cũng không được khấu trừ nếu hóa đơn yêu cầu thanh toán không dùng tiền mặt (trường hợp đặc biệt theo quy định).
• Kê khai đúng kỳ
  • HĐĐT đầu vào phải được kê khai trong kỳ phát sinh hoặc kỳ điều chỉnh (tối đa 12 tháng kể từ tháng lập hóa đơn để tránh phải giải trình).

>> Tham khảo: Báo giá hóa đơn điện tử; Biên bản điều chỉnh hóa đơn điện tử.

2. Quy trình khấu trừ thuế GTGT đầu vào với HĐĐT

Bước 1: Nhận và kiểm tra ngay tính hợp lệ của HĐĐT đầu vào

• Nhà cung cấp gửi qua email, SMS, Zalo OA hoặc cổng phần mềm HĐĐT.
• Kiểm tra tức thì trên tracuuhoadon.gdt.gov.vn: quét mã QR hoặc nhập mã tra cứu.
• Kiểm tra 5 điểm chính: tên/MST người bán, ngày lập, số tiền, thuế suất, trạng thái “Hợp lệ”.
• Nếu không hợp lệ: Yêu cầu nhà cung cấp lập hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế trong 2 ngày.

Bước 2: Lưu trữ và nhập liệu kế toán

• Lưu file XML (dữ liệu gốc) + PDF có chữ ký số trong thư mục theo tháng/quý (cloud + backup).
• Nhập vào phần mềm kế toán: tự động hạch toán Nợ 133 (thuế GTGT được khấu trừ) / Có 331, 156, 152…
• Gắn chứng từ thanh toán ngân hàng (scan hoặc file điện tử).

Bước 3: Đối chiếu chứng từ liên quan

• Đối chiếu hóa đơn với hợp đồng mua hàng, biên bản nghiệm thu, phiếu nhập kho.
• Kiểm tra thanh toán không dùng tiền mặt ≥20 triệu đồng (sao kê ngân hàng phải khớp 100%).

>> Tham khảo: Nghị định 359/2025/NĐ-CP có hiệu lực từ 01/01/2026: Điều chỉnh quan trọng về thuế GTGT.

Bước 4: Kê khai thuế GTGT đầu vào trên tờ khai 01/GTGT

• Đăng nhập eTax (thuedientu.gdt.gov.vn) bằng chữ ký số doanh nghiệp.
• Chọn kỳ kê khai → Hệ thống tự động tải toàn bộ HĐĐT đầu vào hợp lệ → Đổ vào chỉ tiêu [32] đến [36].
• Kiểm tra: Tổng thuế GTGT đầu vào phải khớp với báo cáo HĐĐT đầu vào trong phần mềm kế toán.

Bước 5: Ký số và nộp tờ khai

• Nhấn “Kiểm tra tờ khai” → Hệ thống báo lỗi nếu có HĐĐT không khớp hoặc sai dữ liệu.
• Ký số bằng chữ ký số doanh nghiệp → Nộp tờ khai.
• Nếu có thuế phải nộp thêm → Chuyển khoản ngay qua ngân hàng hoặc ví điện tử.

Bước 6: Theo dõi hoàn thuế và lưu trữ

• Theo dõi hoàn thuế GTGT (nếu đầu vào > đầu ra) qua eTax.
• Lưu trữ toàn bộ chứng từ (HĐĐT, chứng từ thanh toán, tờ khai) ít nhất 10 năm.

>> Tham khảo: Thời điểm xuất hóa đơn điện tử.

3. Các trường hợp không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Hóa đơn không hợp lệ (sai MST, thiếu chữ ký số, không có mã QR, trạng thái “Đã hủy”).
• Hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ dùng cho hoạt động không chịu thuế hoặc miễn thuế GTGT.
• Hóa đơn ≥20 triệu đồng thanh toán bằng tiền mặt.
• Hóa đơn của nhà cung cấp không kê khai thuế hoặc kê khai sai.
• Hóa đơn mua ô tô chở người dưới 9 chỗ (giá trị >1,6 tỷ) → phần vượt không khấu trừ.

4. Lưu ý quan trọng và lỗi thường gặp

• Lỗi phổ biến nhất: Không kiểm tra trạng thái “Hợp lệ” → Khấu trừ nhầm hóa đơn giả mạo → Bị truy thu toàn bộ + phạt 20%.
• Giải pháp: Luôn tra cứu hóa đơn ngay khi nhận, chỉ nhập vào phần mềm sau khi xác nhận hợp lệ.
• Hộ kinh doanh: Từ 01/01/2026 bắt buộc quản lý HĐĐT đầu vào để kê khai thuế → Cần chữ ký số cá nhân.
• Hoàn thuế GTGT: Dữ liệu HĐĐT đầu vào là cơ sở chính → Hồ sơ hoàn thuế phải khớp 100% với tờ khai.
• Phạt vi phạm: Khấu trừ sai → Phạt 20% số thuế khấu trừ sai + lãi chậm nộp 0,03%/ngày.

>> Tham khảo: Tra cứu hóa đơn; Tra cứu hóa đơn điện tử.

Kết luận

Ngoài ra, nếu quý doanh nghiệp đang tìm kiếm giải pháp phần mềm hóa đơn điện tử đáp ứng đầy đủ quy định, xin vui lòng liên hệ E-invoice để nhận được tư vấn:

CÔNG TY PHÁT TRIỂN CÔNG NGHỆ THÁI SƠN

• Địa chỉ: Số 15, phố Đặng Thùy Trâm, phường Nghĩa Đô, Thành phố Hà Nội
• Tổng đài HTKH: 1900 4767 – 1900 4768
• Tel : 024.37545222
• Fax: 024.37545223
• Website: https://einvoice.vn/